Държавен фонд "Земеделие"е сертифициран съгласно трите международни ISO стандарта:
- ISO 9001:2015 - Системи за управление на качеството;
- ISO 27001:2013 - Системи за управление на информационната сигурност;
- ISO 37001:2016 - Системи за управлениеза борба с подкупването в Държавен фонд"Земеделие";

Ръководството на Държавен фонд"Земеделие" активно поддържа интегрираната система чрез ясно управление, доказана ангажираност и точно дефиниране и възлагане на отговорностите.
По този начин се осигурява, че целите по качество и информационна сигурност са определени, отговарят на изискванията на Държавен фонд "Земеделие" и са внедрени в съответните процеси.